工作流引擎作为工作流管理系统的核心部分，提供对系统有决定作用的根据角色、分工和条件的不同决定信息传递路由、内容等级等核心解决方案。如果一个工作流系统缺乏功能强大的引擎，势必变得容易出错。在前面设计的基础上，对系统工作流引擎与系统的具体实现进行了设计。该引擎可以划分为几个模块，这些模块涵盖了引擎的使用、配置、流程定义、查询和运行时等方面内容，通过这些模块可以对整个系统进行调度和资源协调。其中，包括对工作流引擎核心模块、工作流引擎配置模块、工作流引擎定义模块、工作流引擎异常处理模块、工作流引擎的数据库结构进行了设计。

　 WorkflowModule模块是引擎的核心，用户与工作流系统的大部分交互内容都在这部分模块内实现，它定义了最常用的接口、类和异常。Workflow接口是一个最基本的接口，通过与它交互，用户几乎可以完全使用EleFlow的功能，包括工作流调度和查询、工作流定义管理和设置工作流配置信息等。ConfigModule模块是工作流引擎配置模块，与EleFlow的配置相关，定义了一个类DefaultConfiguration，这个类实现了Configuration接口。LoaderModule模块是工作流引擎定义模块，与工作流定义密切相关，包含了与工作流定义中对应元素的实现类，如果在工作流引擎运行时需要了解指定的动作、步骤的状态、名字等信息时，这些元素的描述会起到很大作用。ExceptionModule模块负责处理工作流引擎的异常。工作流的错误包含两种错误：一是流程错误，如活动的执行者不存在，活动的应用程序定义错误等；二是系统的错误，如网络不通，数据库系统异常。对于工作流引擎控制器来说，前类异常属于无法处理的错误，只能通知错误的存在；后者是工作流引擎控制器可以处理的错误，工作流引擎控制器可以进行容错处理，例如：在数据库恢复后自动重新建立连接。执行机对可能出现的错误进行编码，并附有对应的描述信息。工作流引擎所使用的数据表主要是用来存储引擎调用时所需的数据，包括当前步骤数据和历史步骤数据。

在EleFlow中，函数function是用来定义（引用）并执行外部的商业逻辑和服务，实现EleFlow与外部具体的应用之间交互。当系统有额外的需求和功能，例如处理"角色"、"任务分配"、"提交任务"等诸如此类的操作，就扩展function接口。

工作流管理系统对安全性要求较高，为了达到要求，必须做到充分的安全控制。访问控制的目的是保护信息资源不被未授权用户浏览或修改，从而实现数据的保密性和完整性。因此，访问控制技术对解决工作流系统安全问题起着非常重要的作用。为了实现这一目标，工作流系统访问控制机制应当能够满足两方面的需求：一是用户选择，即能够在一个活动实例被激活后选择合适的用户来完成；二是实现活动实例与用户权限的同步，当一个用户试图完成工作列表中的某项工作时，能够判断该用户是否为合法用户，为合法用户分配必要的权限，并在工作完成后收回分配的权限。