工作流管理系统不同于ERP和普通的企业管理信息系统，ERP与普通的企业管理信息系统是事务处理系统，其主要目的是满足企业业务操作功能，提高企业事务处理的效率和水平。从企业整体的业务流程和企业经营目标上看，事务处理系统一般局限于解决某个或者某些领域的问题；事务处理系统的另外一个局限性是它一般局限于解决企业内部的具体操作问题，面向企业内部功能，而不是面向市场和面向客户的系统。工作流管理系统的着眼点是面向市场、面向客户，其目标是在整个企业的业务层提高企业的业务处理水平、强化企业的市场意识、提高对市场的应变能力。
由于工作流管理系统与普通事务处理系统存在显著的差别，工作流管理系统在企业的实施方法上也不同于普通的事务处理系统。要实施工作流管理系统首先要在战略层次上对企业的业务目标进行分析，确定企业的战略目标和组织要求。
在完成了企业战略目标分析和工作流实施战略后，工作流管理系统才能够进入真正的实施阶段。工作流管理系统在实际系统中的应用一般分为3个阶段，即模型建立阶段、模型实例化阶段和模型执行阶段。模型建立阶段通过利用工作流建模工具完成企业经营过程模型的建立，将企业的实际经营过程转化为计算机可处理的工作流模型。模型的实例化阶段完成为每个过程设定运行所需的参数，并分配每个活动执行所需要的资源（包括资源、人员、应用）。模型执行阶段完成经营过程的执行，在这个过程中重要的任务是完成人机交互和应用的执行，并对过程与活动的执行情况进行监控与跟踪。
