如今，市场上的工作流软件存在着很多缺陷，尽管这段时期是工作流软件市场空前繁荣，且持续保持增长势头，但是我们从工作流管理系统的实际应用中就能看出来，还远远没有达到企业和国家所期待的那种普及状态，在实际的经营过程中，采用工作流管理系统的企业也只是少部分，原因之一是因为这些管理系统的应用范围比较局限，且不能够全方位的支持企业的关键业务流程。。

　现在市场上工作流管理系统的现状在很大程度上是因为商业系统提供的功能所决定的，这也就是目前工作流管理系统缺陷的根本所在，许多工作流软件是在开发的时候没有清晰地了解透彻用户的需求，才造成了当前工作流软件存在着以下六个主要的问题：

1.缺乏相互操作性：在各个工作流管理系统之间，并不能真正意义上做到互相兼容，这主要是因为软件开发中缺乏统一的标准。就目前而言，大多数工作流软件生产厂家也己经慢慢的意识到这个问题，他们也正在加入到工作流管理联盟并提出了一套工作流管理系统的标准。主要工作包括：开发了一套AP，能够保证以一致的方式访问工作流管理系统的服务和功能，也为工作流管理系统之间和管理系统和应用程序之间规定了交换格式和协议，统一了工作流模型。这样也使得不同的工作流管理系统的工作流定义也可以相互使用。

2.若工作流软件出现错误的时候缺乏正确性和可靠性的支持：在工作流实例运行过程中，是有可能出现多个活动同时访问共享资源的情况，若这几个活动在数据操作上是相互重叠的，这样为了保证系统能够正常的运行，则必须要进行并发控制，防止出现"脏数据"等现象。另外，当工作流不正常中断的时候，在如何恢复数据的一致性上面也是需要解决的一个问题。就目前来说，有大多数的工作流软件会在这两方面有进一步开发。

　3.性能问题：目前的大多数工作流软件不能满足企业对每天处理上千万个，甚至每小时几千个业务的需求，需要拓展。

4.现在的工作流软件还缺乏对工作流进行分析、仿真和纠错的类似工具。

　5.底层通信平台不够完善，异构系统的通信技术目前还并不成熟，这也就造成了企业应用工作流管理系统时的额外负担。

　6.在企业实施的复杂性：工作流应用的开发不仅仅是过程的定义，还需要同事处理其他的许多任务。例如，在对外部的应用系统进行封装、建立工作流引擎运行所必须的分布式计算环境、设计开发相应的用户界面等等。而目前的工作流软件，几乎不能为同事为这些任务提供比较有力的帮助，也就是所有的工作流应用都需要工作流软件供应商与应用开发人员进行很长时间的合作之后，才能最终完成。另外，工作流管理系统的实施给企业带来的不仅仅是技术上的变化，也会是对企业原管理制度造成不小的影响，这样工作流软件的普及也是对企业的一种冲击。

总的来说，工作流技术在过程定义、执行控制和仿真方面等都存在着自身的不成熟。